MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i) plasmid pL2/434/Bu(i)

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021051	CTAGG	2	10	3	12	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_021051	TAT	2	6	22	27	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021051	GTT	2	6	76	81	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021051	ATG	2	6	129	134	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021051	T	7	7	157	163	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021051	TGAT	2	8	174	181	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021051	AGA	2	6	253	258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021051	T	6	6	295	300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021051	GTT	2	6	344	349	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021051	TCC	2	6	358	363	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_021051	A	6	6	375	380	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021051	T	6	6	476	481	0 %	100 %	0 %	0 %	482545079
13	NC_021051	AAT	2	6	530	535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545079
14	NC_021051	TTG	2	6	553	558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545079
15	NC_021051	T	6	6	670	675	0 %	100 %	0 %	0 %	482545079
16	NC_021051	TAA	2	6	693	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545079
17	NC_021051	T	6	6	751	756	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021051	GTTT	2	8	805	812	0 %	75 %	25 %	0 %	482545080
19	NC_021051	A	6	6	827	832	100 %	0 %	0 %	0 %	482545080
20	NC_021051	TAA	2	6	957	962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
21	NC_021051	TGA	2	6	997	1002	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545080
22	NC_021051	AAC	2	6	1057	1062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
23	NC_021051	GCC	2	6	1063	1068	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	482545080
24	NC_021051	AAT	2	6	1084	1089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
25	NC_021051	CTG	2	6	1092	1097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545080
26	NC_021051	TCC	2	6	1156	1161	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545080
27	NC_021051	TAA	2	6	1162	1167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545080
28	NC_021051	TTA	2	6	1211	1216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
29	NC_021051	GTT	2	6	1228	1233	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
30	NC_021051	CAA	2	6	1243	1248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
31	NC_021051	TGT	2	6	1264	1269	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
32	NC_021051	CAA	2	6	1302	1307	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545080
33	NC_021051	CCA	2	6	1322	1327	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	482545080
34	NC_021051	ATT	2	6	1414	1419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
35	NC_021051	TGT	2	6	1477	1482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545080
36	NC_021051	ATT	2	6	1490	1495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545080
37	NC_021051	T	6	6	1604	1609	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021051	TAAA	2	8	1621	1628	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021051	ATTA	2	8	1654	1661	50 %	50 %	0 %	0 %	482545081
40	NC_021051	TTC	2	6	1712	1717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
41	NC_021051	TTTA	2	8	1727	1734	25 %	75 %	0 %	0 %	482545081
42	NC_021051	T	6	6	1748	1753	0 %	100 %	0 %	0 %	482545081
43	NC_021051	AG	3	6	1754	1759	50 %	0 %	50 %	0 %	482545081
44	NC_021051	AGA	2	6	1763	1768	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545081
45	NC_021051	TCT	2	6	1790	1795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
46	NC_021051	AACC	2	8	1800	1807	50 %	0 %	0 %	50 %	482545081
47	NC_021051	T	7	7	1852	1858	0 %	100 %	0 %	0 %	482545081
48	NC_021051	AT	3	6	1896	1901	50 %	50 %	0 %	0 %	482545081
49	NC_021051	TAACGT	2	12	1912	1923	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545081
50	NC_021051	GCT	2	6	1983	1988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545081
51	NC_021051	TCTATA	2	12	2175	2186	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545081
52	NC_021051	TTC	2	6	2189	2194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
53	NC_021051	CTA	2	6	2257	2262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545081
54	NC_021051	CTT	2	6	2353	2358	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
55	NC_021051	ATCC	2	8	2451	2458	25 %	25 %	0 %	50 %	482545081
56	NC_021051	AAC	2	6	2492	2497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545081
57	NC_021051	GCT	2	6	2547	2552	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545081
58	NC_021051	GAAA	2	8	2571	2578	75 %	0 %	25 %	0 %	482545081
59	NC_021051	TCT	2	6	2648	2653	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545081
60	NC_021051	TGA	2	6	2689	2694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545081
61	NC_021051	T	6	6	2722	2727	0 %	100 %	0 %	0 %	482545082
62	NC_021051	AGA	2	6	2821	2826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545082
63	NC_021051	TTCC	2	8	2830	2837	0 %	50 %	0 %	50 %	482545082
64	NC_021051	AAAC	2	8	2951	2958	75 %	0 %	0 %	25 %	482545082
65	NC_021051	AT	3	6	3003	3008	50 %	50 %	0 %	0 %	482545082
66	NC_021051	TCT	2	6	3089	3094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
67	NC_021051	ATTAA	2	10	3122	3131	60 %	40 %	0 %	0 %	482545082
68	NC_021051	CTT	2	6	3189	3194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
69	NC_021051	AAT	2	6	3203	3208	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545082
70	NC_021051	TCT	2	6	3209	3214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
71	NC_021051	AG	3	6	3217	3222	50 %	0 %	50 %	0 %	482545082
72	NC_021051	AAT	2	6	3268	3273	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545082
73	NC_021051	CAA	2	6	3279	3284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545082
74	NC_021051	GCT	2	6	3395	3400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	482545082
75	NC_021051	ATC	2	6	3439	3444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
76	NC_021051	AAAG	2	8	3475	3482	75 %	0 %	25 %	0 %	482545082
77	NC_021051	T	8	8	3513	3520	0 %	100 %	0 %	0 %	482545082
78	NC_021051	AT	3	6	3555	3560	50 %	50 %	0 %	0 %	482545082
79	NC_021051	TTC	2	6	3718	3723	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545082
80	NC_021051	AC	3	6	3730	3735	50 %	0 %	0 %	50 %	482545082
81	NC_021051	ATC	2	6	3742	3747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
82	NC_021051	CAT	2	6	3795	3800	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545082
83	NC_021051	ACG	2	6	3841	3846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545082
84	NC_021051	ATG	2	6	3931	3936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545082
85	NC_021051	AAC	2	6	4013	4018	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545082
86	NC_021051	TA	3	6	4072	4077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021051	A	7	7	4077	4083	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021051	AAC	2	6	4105	4110	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021051	ATT	2	6	4114	4119	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021051	GCA	2	6	4190	4195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545083
91	NC_021051	TTA	2	6	4297	4302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545083
92	NC_021051	CAA	2	6	4322	4327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545083
93	NC_021051	T	6	6	4355	4360	0 %	100 %	0 %	0 %	482545083
94	NC_021051	A	6	6	4449	4454	100 %	0 %	0 %	0 %	482545083
95	NC_021051	CTT	2	6	4471	4476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545083
96	NC_021051	AGC	2	6	4502	4507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545083
97	NC_021051	T	6	6	4599	4604	0 %	100 %	0 %	0 %	482545083
98	NC_021051	TCCT	2	8	4656	4663	0 %	50 %	0 %	50 %	482545083
99	NC_021051	A	8	8	4673	4680	100 %	0 %	0 %	0 %	482545083
100	NC_021051	AGG	2	6	4721	4726	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545083
101	NC_021051	CTC	2	6	4733	4738	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545083
102	NC_021051	CAA	2	6	4776	4781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545083
103	NC_021051	TTTC	2	8	4789	4796	0 %	75 %	0 %	25 %	482545083
104	NC_021051	CAGA	2	8	4815	4822	50 %	0 %	25 %	25 %	482545083
105	NC_021051	ATT	2	6	4830	4835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545083
106	NC_021051	TGG	2	6	4924	4929	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	482545083
107	NC_021051	TC	3	6	4954	4959	0 %	50 %	0 %	50 %	482545083
108	NC_021051	GAT	2	6	5093	5098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545083
109	NC_021051	TCT	2	6	5115	5120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545083
110	NC_021051	AGA	2	6	5140	5145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545083
111	NC_021051	T	6	6	5170	5175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021051	GAATAT	2	12	5185	5196	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021051	AC	4	8	5267	5274	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_021051	T	9	9	5377	5385	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
115	NC_021051	TTG	2	6	5433	5438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545084
116	NC_021051	CTC	2	6	5503	5508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	482545084
117	NC_021051	T	7	7	5559	5565	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
118	NC_021051	A	6	6	5593	5598	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
119	NC_021051	CAAT	2	8	5652	5659	50 %	25 %	0 %	25 %	482545084
120	NC_021051	A	8	8	5704	5711	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
121	NC_021051	A	6	6	5764	5769	100 %	0 %	0 %	0 %	482545084
122	NC_021051	AT	3	6	5810	5815	50 %	50 %	0 %	0 %	482545084
123	NC_021051	T	6	6	6029	6034	0 %	100 %	0 %	0 %	482545084
124	NC_021051	AAC	2	6	6092	6097	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545084
125	NC_021051	CAA	2	6	6180	6185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021051	ACC	2	6	6207	6212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_021051	ACC	2	6	6229	6234	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_021051	ACC	2	6	6251	6256	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_021051	ACC	2	6	6273	6278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_021051	TC	4	8	6291	6298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021051	AAATC	2	10	6302	6311	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021051	AT	6	12	6317	6328	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021051	AT	5	10	6334	6343	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021051	GGA	2	6	6352	6357	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021051	TGT	2	6	6389	6394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545085
136	NC_021051	AGA	2	6	6395	6400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545085
137	NC_021051	AGG	2	6	6411	6416	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545085
138	NC_021051	ATG	2	6	6437	6442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545085
139	NC_021051	TTC	2	6	6479	6484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545085
140	NC_021051	TATC	2	8	6498	6505	25 %	50 %	0 %	25 %	482545085
141	NC_021051	GAAG	2	8	6533	6540	50 %	0 %	50 %	0 %	482545085
142	NC_021051	AT	3	6	6641	6646	50 %	50 %	0 %	0 %	482545085
143	NC_021051	TTGG	2	8	6688	6695	0 %	50 %	50 %	0 %	482545085
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166	NC_021051	TA	3	6	7308	7313	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_021051	ATC	2	6	7335	7340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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169	NC_021051	CCGA	2	8	7387	7394	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
170	NC_021051	TAGAA	2	10	7425	7434	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021051	AATT	2	8	7458	7465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021051	CAA	2	6	7475	7480	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_021051	CTT	2	6	7484	7489	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.